Dobrý den,
standardně se doporučuje mít mezi středy sání a výfuku minimálně 1,5 m. Nevím o nějaké studii, která by jasně řekla, jak moc se ovlivní vzduchy, pokud by byly o 10 cm blíž sobě. Problém by neměl být, kdybyste měl sání na severní straně a mohl třeba přes roh dát výfuk. Těžko říct, jestli je to u Vás ale takhle možné. Výfuk se může v případě potřeby realizovat také nad střešní rovinu, ale jak jste sám poznamenal, musel by se vyřešit odtok kondenzátu do odpadu. Za mě je tato varianta ne moc ideální. Izolace na potrubí by byla samozřejmě nutná, případně byste mohl použít už EPP nebo EPS potrubí. Kdybyste dal k dispozici alespoň půdorys, byli bychom určitě moudřejší.

Ještě lepší by bylo, kdybyste měl při návrhu domu projektanta, který by Vám poradil, a už myslel i na umístění jednotky a realizaci sání, výfuku a dalších rozvodů po domě. Ale chápu.
BaR